根据你描述的情况，你爱人的护照有效期只剩2年，而你的学签还有将近3年有效期。在申请配偶工签之前，你们可以选择在加拿大更新他的护照或者直接申请工签，然后在他更新护照后再续签工签。
如果你们选择在申请工签之前去更新护照，这样就可以确保他的护照在申请工签时是有效的。你们可以联系中国驻加拿大使馆或领事馆，了解具体的护照更新流程和所需材料。
另一种选择是直接申请配偶工签，然后在他的护照到期前换发新护照。一般来说，在护照有效期较短时续签工签是可行的，但是每个情况可能会有些不同，建议咨询加拿大移民局或专业移民律师以获取准确的信息。
无论你们选择哪种方式，建议要提前和相关机构或专业人士进行咨询，以确保程序顺利进行，以及能够持有效护照和合法身份在加拿大合法居住和工作。