根据目前情况，您可以在您的PGWP到期之前回国，然后在10月底再次入境加拿大。根据加拿大移民规定，即使您的PGWP到期，您仍然具有临时居留权，可以以旅游访客的身份进入加拿大。因此，只要您的签证和护照在入境时是有效的，通常不会有问题。然而，入境加拿大时，边境官员有最终决定权，他们可能会询问有关您的旅行目的和计划的问题。您应该准备好向他们说明您的情况，并提供相关文件，如PGWP和安省硕士省提名的申请文件和确认函，以证明您的合法居留意图。此外，如果联邦阶段进展不顺利，您可以考虑延长您的PGWP，或者寻求其他合法居留身份，以确保您可以继续留在加拿大等待结果。请注意，移民法规定可能会有变化，建议您在入境前向加拿大边境服务局或移民律师咨询以获取最新的政策和建议。