根据我的了解，如果你申请免修某些课程，可能会导致你的学习时间减少。然而，这不一定会对将来申请毕业工签产生直接影响。加拿大移民局对于毕业工签的要求主要关注于你完成的学位或文凭，并且你需要证明你已经达到该课程的学习要求。如果你已经通过其他的课程证明了你具备了必要的知识和技能，移民局可能会考虑你的情况。
但是，仍然建议你在做出决定之前咨询移民局或专业移民代理人以获取更确切的信息和建议。他们可以根据你的具体情况提供有用的指导，并确保你满足申请工签所需的所有要求。这样可以避免不必要的麻烦和延误。
最后，记得始终保持学业的合法性和透明性，尽量遵守加拿大移民规定和学校的要求。这有助于确保你申请工签时没有出现任何潜在的问题。祝你好运！