根据我的了解，协议生效后，乘客可以持有北京签发的加拿大签证从上海出海关。加拿大签证通常是在使馆或领事馆签发的，而中国作为一个统一的国家，签证一般可以在全国各地有效。因此，持有北京签发的加拿大签证也可以从上海出海关。
然而，为了避免任何不必要的麻烦，我建议您在出行前先与相关部门咨询，以确保您持有的签证可以从上海顺利出海关。您可以联系加拿大驻中国的使馆或领事馆，或咨询中国的出入境管理部门，他们可以提供准确的信息和指导。
同时，根据航班情况和旅行计划，您也需要提前了解关于出入境手续、行李要求和检疫要求等方面的规定。这样可以确保您的旅行顺利无阻。祝您旅途愉快！
