如果在申请毕业工签时，护照有效期不足三年，您需要提前办理更换新护照。根据加拿大移民局的规定，入境加拿大的护照有效期必须至少超过工作许可证的有效期。因此，在申请毕业工签时，护照有效期不足三年可能会对申请产生影响。
目前，中国驻加拿大大使馆在更新护照时只会延长有效期不到半年的护照。如果您的护照有效期不足半年，您可以联系大使馆办理新护照。一旦您获得新护照，请确保将新护照的信息更新到加拿大移民局。
关于您提到的毕业工签的延期问题，一般情况下，您可以在当前毕业工签到期前申请延期。但是，延期是否被批准取决于具体情况和加拿大移民局的政策。一旦您获得新护照并将信息更新到移民局，您可以按照移民局的要求向他们提交延期申请。
综上所述，如果您的护照有效期不足三年，最好提前办理新护照以确保顺利申请毕业工签。在将来如果更新了新的护照，您可以根据移民局的要求申请毕业工签的延期。