根据加拿大移民法，Common-Law伴侣指的是与你在婚姻关系下居住一年以上的伴侣。在申请永久居民时，如果你与男友同居超过一年，以合同、账单和保险等文件可以证明你们的关系，你应该将他作为你的Common-Law伴侣申报。你们分别报税并不会影响你在PR申请时以Common-Law伴侣身份提报这一事实。事实上，不诚实地对待这一情况可能会对你的申请产生负面影响。如果在最后提交资料时才发现你们是Common-Law伴侣，而之前申请过程中一直以单身身份填写，你可能会面临申请失效或被指责提供虚假信息的风险。因此，建议你尽早在申请过程中透露这个事实，以确保申请的真实和准确性。虽然具体情况可能因个人情况而异，但以Common-Law伴侣身份提交PR申请通常不会使申请更难获得批准，只要你能提供充分的证据证明你们的关系真实和稳定。但如果你对此有任何疑虑，建议你咨询专业的移民律师以获取个性化的建议和指导。