提交PGWP申请后才发现护照扫描件不完整或有缺失页，可能会对申请产生一定影响。通常，加拿大边境服务局（CBSA）需要查看入境记录、签证页和中国海关盖章页来核实你的出入境情况。如果护照扫描件缺失了这些重要信息，可能导致申请审理时出现问题。
如果你发现你的提交材料存在问题，建议尽快采取行动进行纠正。你可以通过IRCC官方网站上的webform来提交新的护照扫描页。在webform中，详细说明你的情况，解释为什么之前提交的扫描件不完整，并附上正确的护照扫描页。这样可以确保你的申请材料是正确且完整的。
虽然这个问题可能会对申请产生一定的影响，但只要你及时纠正并补充正确的材料，通常还是可以顺利进行申请的。建议你提供完整的护照扫描页，并在纠正材料后密切关注申请进度并及时回应任何进一步的要求。如有需要，也可以咨询专业移民机构或联系IRCC官方以获取更准确的指导和支持。祝你好运！