如果省提名证书过期导致联邦阶段的PR申请被拒绝，您可以考虑以下几种处理方式：
1. 向省提名机构咨询：首先，您可以联系省提名机构咨询是否可以申请延期。每个省的政策可能有所不同，有些省可能可以提供延期的机会，而有些则不行。
2. 寻求法律帮助：如果省提名机构不提供延期申请的机会，您可以寻求专业的移民律师的帮助。他们可以帮助您评估其他可行的解决方案，例如重新获得省提名或通过其他合法途径继续申请PR。
3. 提交补充材料：如果您的省提名证书已经过期，但您的联邦阶段还在进行中，您可以尝试向联邦移民部提交补充材料，说明您正在积极处理省提名延期申请的事宜。
请注意，在处理这种情况时，及时向相关机构咨询并寻求法律帮助非常重要，以便为您的PR申请找到最佳解决方案。