根据您所提供的信息，如果大使馆认定您的新生儿为加拿大国籍，不承认其中国国籍，那么您可以考虑以下几种方式来给孩子申请旅行证以回国上户口。
1. 孩子申请加拿大护照：既然孩子被认定为加拿大国籍，您可以通过申请加拿大护照为孩子办理旅行事宜。加拿大护照是一个国际旅行文件，可以作为您孩子入境中国的身份证明。
2. 申请中国旅行证：尽管大使馆不予承认孩子的中国国籍，但您仍然可以尝试申请中国旅行证。有些个案中，即使在加拿大出生且被认定为加拿大国籍，但仍可以申请回国上户口以及申请旅行证。您可以与大使馆详细沟通，并提供相关申请材料以及解释情况，看是否能够获得特殊批准。
3. 咨询专业移民律师：由于情况复杂，建议您咨询一位在移民领域有经验的专业律师。他们可以根据您家庭的具体情况和法律规定为您提供最准确和可行的建议。
请注意，我的回答仅供参考，具体办理步骤还是需要根据您的个人情况和大使馆的相关规定来进行，建议您与大使馆或相关机构进一步咨询和核实。祝您顺利办理，回国顺利！