根据加拿大移民、难民和公民法规定，一旦您或您的妻子的签证过期，即使您的永久居民（PR）申请已获批准，也可能会对入境加拿大造成一些困难。根据规定，持有过期签证或许可的个人将被认为是非法滞留，并可能面临被拒绝入境的风险。因此，如果您妻子的小签过期，并且PR申请尚未批准，建议您在她的小签状态得到更新之前不要让她入境加拿大。
您可以考虑以下几种解决方案：
1. 延长小签：如果您妻子打算回国，您可以考虑延长她的小签。您可以向加拿大边境服务局（CBSA）提出延长申请，以保证她在回国期间能够合法地重新入境加拿大。
2. 申请临时居民签证：如果您妻子的小签已过期，但PR申请尚未批准，您可以尝试申请临时居民签证。这将为她提供在等待PR批准期间合法地在加拿大居住和工作的权利。
请注意，在任何情况下，最好咨询专业的移民律师或授权代表，以便获得针对您具体情况的详细建议和指导。他们能够为您提供最准确的法律建议并帮助您解决移民问题。