关于您的问题，如果在背景调查过程中发现与您的参考信上的内容不一致，可能会对您的申请产生一些不利影响。加拿大移民部门非常注重申请人的诚信和真实性，如果调查发现虚假的参考信或信息，可能会导致申请被拒绝或被怀疑您的真实意图。
关于建档的问题，一般情况下，在申请过程中建议您提供准确和完整的信息。如果您在建档时没有认领某段工作经验，而后想要更新档案，可能会引起移民官员的怀疑。更新档案可能需要您提供合理的解释，并要确保更新的信息与您申请时的信息一致。
总的来说，在申请移民时，最好始终保持真实和一致。如果有任何变更或更新需要进行，建议及时与移民部门进行沟通并提供合理的解释。同时，如果您对自己的情况有任何疑问，最好咨询专业的移民顾问或律师以获得针对个人案例的具体建议。