根据您的描述，您在申请工签时已经录过指纹，并选择了在EE申请中提交过biometrics。然而，您在付款时并未收取biometrics collection fee。根据加拿大公民和移民部（CIC）的官方网站，提交EE申请时确实需要支付指纹收集费用。
建议您尽快联系CIC或IRCC（加拿大移民、难民及公民事务部）的客服部门，解释您的情况并询问应该如何支付相应的指纹收集费用。他们会给您提供准确的指导，并确保您的申请得到正确处理。不要忽略这个问题，因为未支付所需的费用可能会导致申请被拒绝或延迟处理。
提醒您一定要仔细阅读CIC官方网站上的申请要求和指导，以确保您的申请过程顺利无误。如果有任何疑问或困惑，您可以咨询专业移民律师或注册移民顾问，他们将能够为您提供更详细和个性化的建议。