在个人活动(EE Personal Activity)中，您可以体现您在读Master期间拿stipend做graduate research assistant的经历。这样可以为您的申请增添一份有关学术研究和工作经验的信息。您可以将这段经历填写在个人活动中，详细描述您在这个职位中承担的具体任务，贡献和所学到的技能等。
关于时间的问题，您的graduate research assistant经历与Master education的时间可能是部分或完全重合的，这并不会产生太大影响。您可以在个人活动中将这两部分经历分别陈述，并确保表明这是您在读Master期间的一项活动。
然而，对于work permit申请，如果您将这段经历填写为employment经历，这可能会导致一些误解。因为graduate research assistant通常是一项学术研究活动，与正式的雇佣关系有所不同。建议您在未来申请工作签证时，将这段经历准确地表述为研究助理或学术研究相关的经验，以避免混淆。请注意，在填写工作许可申请时，确保准确地回答问题并遵守相应的规定，以确保信息的准确性和一致性。