根据你提供的信息，你在美国期间注册的自雇经历可能会对你的PWGP（Post-Graduation Work Permit）申请和以后的移民产生影响。加拿大移民官员在评估申请人的资格时会考虑多个因素，其中包括申请人的背景和过去的工作经历。
在你的情况下，你在美国注册的公司自雇可能被视为一种非真实的目的，即仅仅为了留在美国等待加拿大学签批下来。这可能会导致加拿大移民官员对你的申请持怀疑态度。
为了解决这个问题，我建议你在申请PWGP之前提供详细的解释说明。你可以解释你在美国注册公司的原因，并提供相关的支持文件，例如公司的营业执照、税务文件、客户合同等。关键是要证明你的自雇经历是真实的，并与你的留学和职业目标相关。
同时，你还应该在申请中突出强调你的加拿大学习经验以及对加拿大的认同和适应能力。尽可能提供其他证据，例如学术成绩单、奖学金证书、社区活动参与证明等，以证明你对加拿大社会和文化的积极融入。
最后，我建议你咨询专业的移民顾问或律师来获取针对你具体情况的更具体建议和支持，他们可以根据你的个人情况提供更准确的指导和帮助。祝你好运！