根据您描述的情况，您应该在EE材料中选择“yes”并填写省提名信息。即使该提名不会给您在EE中添加额外的加分，这也是一个重要的信息，您需要在申请中真实填写。如果您选择“yes”，在解释部分提供一个简短的说明可以是一个好的主意，解释该提名不能在EE中获得加分，并且只能用于纸质申请。
当签证官审查您的EE申请时，他们会知道您有省提名信。这并不会直接影响您的EE申请，因为省提名不会为您的EE申请增加加分。然而，持有高质量的省提名的确会提高您的综合申请评分，这可能会增加您被邀请申请永久居民身份的机会。
至于同时提交EE申请和省提名联邦阶段纸质申请，您是可以这样做的。通过EE系统提交EE申请并在相应情况下提交纸质省提名申请，这两个申请是可以平行进行的。请确保遵守各个申请的要求和时间限制，并按照相关指南提供所有必要的文件和信息。如果您在办理纸质申请时有任何疑问，建议您咨询专业的移民顾问或律师以获取准确的指导。