如果你已经拿到加拿大曼省提名函，但不是通过Express Entry（EE）快速通道获得的，你仍然可以选择通过EE通道申请联邦移民。然而，曼省提名并不能为你的EE申请增加额外的600分。曼省提名的主要作用是获得省提名省级提名的特权，并且可以在提名信有效期内向EE系统提交联邦申请。您的提名信将在EE系统中视为一个有效的Provincial Nominee类别申请。
关于EE联邦和纸质联邦的问题，根据过去的经验，一般来说，如果您已经通过纸质申请提交了联邦申请，那么您应该等到获得一个EE账号后将申请信息转移到EE系统中。您需要确保在EE系统中递交的申请与纸质联邦申请一致，以免产生不一致的结果。因此，在纸质联邦申请提交后，您可以等待获得EE账号后再将申请信息转移到EE系统中。但请注意，这只是提供一般性建议，请在具体操作之前咨询相关的移民专业人士，以确保您的申请顺利进行。