根据加拿大移民、难民及公民部（CIC）的规定，持学签的学生在学期期间允许每周最多工作20小时。然而，如果一个学生超出规定的允许工作时间，可能会对毕业工签的申请产生一定的影响。
根据您的情况描述，您在某些周超过了每周20小时的工作限制。即使您是以独立合同工的身份从事这些额外的工作，这仍然构成您超时工作的事实。虽然您没有签合同或提供SIN（社会保险号码），但这并不意味着CIC无法获取相关信息。
在申请毕业工签时，CIC可能会对您在学习期间是否违反了工作时间限制进行审查。如果他们发现您有超时工作的情况，可能会对您的毕业工签申请产生一定的影响。具体的影响取决于超过工作时间的时间长度和频率。
建议您在申请毕业工签之前，尽量遵守学签规定的工作时间限制。如果您确实超时工作了，可以考虑主动向CIC解释情况，并提供相关的证据以证明这是个例，并且您已经采取措施确保不再超时工作。请注意，CIC有权自行决定是否接受您的解释和证据。
此外，您提到您的雇主没有为这份额外工作缴税。根据加拿大税法，如果您在加拿大境内工作并获得收入，您可能需要报税。建议您咨询加拿大税务局（CRA）以了解您个人税务义务的具体情况。
综上所述，超时工作可能对您的毕业工签申请造成一定的风险。遵守工作时间限制并与CIC和CRA咨询以获取更准确的信息和建议是明智的做法。