根据您描述的情况，您可以考虑在ITA后将trainee期间的工作经验从work history中删除，并将其添加到personal history中。由于您在2019年3月至今从事计算机编程员的工作，这满足了一年的加分要求。如果您选择删除trainee期间并在personal history中声明2018年9月至今从事计算机编程员职位，这是可以的。
然而，您提到雇主信中提到您自2018年9月起一直从事计算机编程员的工作。如果您决定删除该期间的trainee经验并在personal history上写上其他时间段，这可能会引起移民官的怀疑。因此，您需要权衡风险并决定哪个选择更为保险。
您还提到您担心以最低工资标准报税可能不符合NOC 2174的要求。在这种情况下，您可以在个人历史中明确说明您在该时间段内从事计算机编程员的工作，并在移民申请时提供相关证据。这样，您就可以避免引起移民官的怀疑，并确保您的申请符合要求。
总而言之，您需要根据自己的情况权衡利弊，决定是维持原状还是删除trainee期间的工作经验。如果您有任何疑问，建议您咨询专业的移民律师或顾问，以确保您的申请符合要求。