申请加拿大签证时进行指纹录入一般不会对签证申请造成负面影响。根据加拿大政府规定，指纹录入是一种常规安全措施，旨在确保申请人的身份和背景信息的准确性。加拿大不仅要求某些类别的签证申请人进行指纹录入，还要求申请人进行面试、提交所需文件等步骤。这些都是为了保证签证申请的真实性和合法性。
指纹录入是通过指纹扫描仪进行的，没有任何副作用或健康风险。并且指纹数据将被加拿大政府机构进行保密和安全处理，以保护申请人的个人隐私和数据安全。
需要注意的是，如果您拒绝进行指纹录入，可能会导致签证申请无法继续进行或被拒绝。因此，我建议您按照规定完成指纹录入程序，以确保签证申请的顺利进行。
请您了解加拿大签证申请指南中的具体要求和流程，并联系加拿大签证申请中心或相关机构，以获得更准确的信息和指导。