申请加拿大联邦移民EE通道后，面对的主要挑战包括：
1. 语言要求：EE通道对英语或法语能力有要求，需要进行语言考试并达到一定的分数标准。
2. 学历认证：申请人需要将国外的学历进行认证，这个过程可能比较复杂和耗时。
3. 资金证明：需要提供足够的资金证明来证明自己有能力在加拿大定居并生活。
4. 找工作：在获得EE邀请后，需要在一定时间内找到加拿大境内的雇主offer，这对一些申请人来说可能是一个挑战。
5. 适应新环境：移民到一个全新的国家和文化，需要适应新的生活和工作环境，这也是一个挑战。
克服这些挑战需要申请人有坚定的信念、耐心和细心准备，同时可以寻求移民顾问或律师的帮助来提高申请的成功率。
