加拿大政府部门的机构设置主要包括联邦政府和省级政府。联邦政府由行政、立法和司法三个分支组成。行政部门包括总理府、内阁、各部门和机构，例如国防部、财政部、移民局等，负责执行政府政策和管理国家事务。立法部门由国会组成，分为上议院和下议院，负责通过法律和监督政府。司法部门由独立的法院系统组成，负责解决法律纠纷和确保司法公正。
省级政府在各省和地区设立，类似于美国的州政府。省级政府也有行政、立法和司法机构，负责管理省内事务并执行省级政策。此外，加拿大还有一些独立机构和委员会，如加拿大放射防护委员会、加拿大人权委员会等，负责特定领域的监管和调查工作。整体来说，加拿大政府机构设置相对完善，各级机构之间合作紧密，确保政府有效地管理国家事务。