对于在加拿大提交EE（Express Entry）移民申请时的学历认证，需要将所有外国学历进行认证。在您的情况下，两个硕士学历都需要进行认证。
加拿大移民局要求申请人将所有海外获得的学历进行认证，以验证其等同于加拿大学历体系的程度。该认证过程包括将学历文件递交给认证机构进行评估认证。您可以选择将学历寄给加拿大教育认证机构（Educational Credential Assessment，简称ECA）进行认证。他们会对学历的等级、认证机构的可信度和学术课程的相似性进行评估，并发出认证报告。
在提交EE申请时，您需要提供经过认证的学历认证报告。由于您拥有两个硕士学历，建议您对两个学历都进行认证，并将认证报告一并提交。这样有助于展示您的教育背景和专业技能，提高申请的竞争力。
无论是美国的硕士学历还是澳大利亚的硕士学历，对移民申请来说在提交EE时并没有差别，都需要进行认证。这是为了确保您所提供的学历符合加拿大移民局的要求，并对其真实性和等同性进行验证。希望这个回答对您有帮助，祝您成功完成EE移民申请！