根据加拿大EE（Express Entry）的要求，你需要提供与申请相关的完整的就业材料。虽然通常来说，雇主为员工发放工资是至关重要的，但并非必须要提供最近的付款条目。你可以先提交截至到八月底的paystub，并在申请备注中说明你会在下个月获得九月份的paystub。在提交申请时，尽量提供尽可能多的证据来支持你的工作经历，比如提供工作合同、银行对账单等与工作收入相关的文件。移民官会综合考虑这些材料，并在审核你的申请时进行判断。
但是在提交前，请确保你的雇主能够提供九月份的paystub作为补充材料，以便提供给移民局进行审查。如果你的申请因为缺少这个月份的付款证明而被要求补充文件，可以在接到要求时及时提供。注意，及时提供补充材料非常重要，以免影响你的申请进程。
总之，在提交EE申请时，如果你能提供截止到八月底的paystub并在申请备注中说明情况，应该是可以继续提交申请的。然后在你获得九月份的paystub后，及时提供给移民局作为补充材料是一个好的选择。希望这些信息对你有帮助！祝你顺利通过申请，顺利迁入加拿大！