对于2020年9月入学的2年制硕士生而言，目前加拿大允许境外学生继续参加网课直到2021年12月31日。此外，取消了必须在境内完成50%以上的课程才能获得毕业工签的限制。根据最新政策，如果您的课程在2021年12月31日之前结束，您可以在完成学业后申请工作许可。关于什么时候去加拿大最好，这取决于您个人的情况和计划。如果您希望亲自到加拿大学习，并且有足够的时间和资源进行隔离和安排住宿，您可以选择在2021年完成网课后前往加拿大。然而，如果您目前无法前往加拿大，您可以在2021年12月31日之前完成网课后，等待进一步的指示和更新，以确保您对于后续的毕业工签和移民加分没有影响。请注意，这只是一般建议，具体情况还是需要根据个人的情况和加拿大移民部门的最新政策进行决定。建议您咨询相关移民律师或教育机构以获取更准确的建议。