根据我的了解，对于EE申请，你需要按照实际情况提供准确的教育历史。WES认证只是为了验证你的学历的等效性，而并不会对具体的申请要求有影响。所以，你的教育历史应该根据你真实的情况进行填写。
如果你的本科和硕士均已获得并且与加拿大教育体系相匹配，那么你应该在EE申请中提供这两个学位的信息，包括学位类型、学校名称、学位专业以及毕业时间等。这样才能按照实际情况展示你的教育背景。
WES认证只是用来证明你的学历在加拿大境外的等级和评估，而EE申请的目的是综合评估你的个人资料，其中教育背景只是其中的一部分。如果你在EE申请中只提供了硕士学位，而忽略了本科学位，移民局可能会认为你隐瞒了部分教育历史，这可能对你的申请产生负面影响。
因此，我建议你在EE申请中提供完整的教育历史，包括本科和硕士学位。这样能更准确地展示你的教育背景，并避免申请被拒绝的风险。记得提供所有相关的学位证书和学位证明文件，以支持你的申请。祝你好运！