根据加拿大境内留学政策，连续16个月的休学可能会对申请三年工签产生影响。通常情况下，持有学习许可的学生，在完成学业后可以申请毕业工作许可（PGWP），该工签的有效期与完成学位课程的时间长度有关。
如果您在研究生项目中间申请了长达16个月的休学，这可能导致您的学习许可的有效期被打断，并且超过了毕业工作许可的最长时间限制。根据当前的政策，PGWP的最长有效期为3年。
然而，如果您因为医疗问题需要回国接受手术，可以向加拿大移民部门提供有关您的医疗情况的证明文件。在某些情况下，移民官员可能会考虑您的特殊情况，并可能给予您特殊待遇，以使您能够继续申请毕业工作许可。
由于个案情况可能会有所不同，我强烈建议您咨询加拿大移民部门或在加拿大的大使馆或领事馆获取最准确的信息和建议。他们将能够为您提供与您个人情况相符的正式指导和解决方案。