根据加拿大移民局的规定，申请16个月的Master项目可能可以获得3年的Post-Graduation Work Permit（PGWP）。但如果在这个项目期间有一学期在海外交换，是否还能够获得3年的PGWP取决于具体情况。
移民局主要关注的是实际在加拿大就读的时间，而非项目所写的时长。通常情况下，只有在加拿大境内学习的时间才被计算在PGWP的时长内。如果你在海外交换期间仍然保持了学生身份，并在交换结束后返回加拿大继续学习，那么这段时间也有可能会被计算在PGWP的时长内。
然而，请注意，移民局可能会审查你的具体情况，包括你在境外交换的目的和持续时间。如果你在海外交换期间离开加拿大超过一定的时间（例如超过6个月），移民局可能会认为你没有保持学生身份，并可能会影响你获得PGWP的时长。
因此，在计划海外交换之前，建议你与你的学校和移民局咨询，并确保你满足PGWP的要求。根据个人情况来看，移民局最终会审查你在加拿大就读的实际时间以及你的学生身份的连续性来决定PGWP的时长。