如果您与配偶分居，仍然可以申请加拿大配偶担保。加拿大配偶担保是为了帮助加拿大公民或永久居民将其外籍配偶或同居伴侣带入加拿大而设立的。根据加拿大移民规定，在申请配偶担保时，您需要证明您与您的配偶已经建立了一个合法的婚姻或同居关系，并且具备共同生活的意愿。
分居并不是必然导致配偶担保申请被拒绝，但您需要解释清楚分居的原因以及您们的关系是否依然真实和持续。您需要提供充分的证据来证明您们之间的关系是真实的，如历史记录、通讯记录、照片、财务文件等。
此外，在申请配偶担保时，您还需符合其他的资格要求，如达到收入要求、无犯罪记录等。申请配偶担保通常需要提交大量的文件和证据，所以建议您咨询专业的移民律师或咨询机构以获得更准确的信息和指导。他们将能够更具体地了解您个人情况，并帮助您准备申请所需的文件和证据，提高成功申请的机会。